L’histoire de Périgueux Foot possède des origines particulières, liées à l’exode de la population strasbourgeoise au début de la Seconde Guerre mondiale. En 1939, le Racing Club de Strasbourg est reconstitué à Périgueux sous le nom de RC Strasbourg-Périgueux, avec des joueurs strasbourgeois et périgourdins. L’équipe remporte le championnat de Dordogne 1939-1940 et réalise un parcours remarquable en Coupe de France : après avoir éliminé les Girondins de Bordeaux, elle atteint les 8es de finale, où elle s’incline face au FC Sète. Après le retour des Strasbourgeois en Alsace en 1940, cette structure disparaît, tandis que le football périgourdin poursuit son développement sous différentes appellations.
L’ascension du football périgourdin reprend véritablement dans les années 1970 avec le FC Fossemagne, qui évolue alors au plus haut niveau régional. Après deux places de vice-champion en 1971 et 1972, le club remporte le championnat de Division d’Honneur du Centre-Ouest en 1973 et accède à la Division 3, où il dispute quatre saisons consécutives. En 1978, alors qu'il vient de retrouver le niveau régional, le FC Fossemagne fusionne avec l’US Gour de l’Arche, club d’un quartier de Périgueux, pour former le Football Club de Périgueux. Cette fusion permet au nouveau club de récupérer une place en Division 4.
Le FC Périgueux connaît ensuite une nouvelle période faste au début des années 1980. Après une deuxième place de son groupe de Division 4 en 1982, le club retrouve la Division 3, puis se maintient à ce niveau jusqu’en 1985. Promu à nouveau en Division 3 en 1987, Périgueux réalise la même année le plus beau parcours de son histoire en Coupe de France. Pensionnaire de Division 4, le club atteint les 8es de finale et affronte le RC Lens, alors en Division 1. Les Périgourdins s’inclinent 4-0 à l’aller puis 4-2 au retour, mais cette confrontation face à l’un des grands clubs de l’élite constitue l’un des sommets de l’histoire du football périgourdin.
Après une nouvelle saison en Division 3 en 1987-1988, suivie d'une relégation en Division 4 puis en Division d’Honneur, le club connaît d’importantes difficultés financières. Un dépôt de bilan en 1990 entraîne le changement de nom en Racing Club de Périgueux. Après plusieurs saisons dans les championnats régionaux, le RC Périgueux fusionne en 1997 avec la section football du COPO Périgueux, donnant naissance à Périgueux Foot. Le nouveau club évolue encore quelques années dans les compétitions régionales avant de quitter les championnats de Ligue en 2005.
Après plus de deux décennies loin du niveau régional, Périgueux Foot connaît enfin un nouveau départ. À l’issue de la saison 2025-2026, le club remporte le championnat de Départemental 1 de Dordogne et obtient son accession en Régional 3. Cette remontée, acquise 21 ans après la dernière apparition du club dans les championnats régionaux, marque un retour important pour un club dont l’histoire a autrefois été jalonnée de saisons en Division 3 et de grandes confrontations en Coupe de France. Périgueux Foot retrouve ainsi la scène régionale pour la saison 2026-2027, avec l’ambition de reconstruire progressivement une place parmi les clubs importants du football périgourdin.
