Le Canet Roussillon Football Club puise ses origines dans l'histoire du football perpignanais. Le club historique est fondé en 1934 sous le nom de Club Olympique Perpignanais, avant de devenir le Stade Olympique Perpignanais en 1949 puis le Perpignan Football Club en 1952. Cette même année marque la première accession du club à la Division 2, l'ancien deuxième échelon du football français. Le Perpignan FC connaît alors plusieurs passages entre le football professionnel et le niveau amateur, avec une première période en Division 2 entre 1952 et 1959.
Après plusieurs décennies d'évolution dans les championnats régionaux et nationaux, le football perpignanais retrouve les sommets au cours des années 1980 et 1990. Le Perpignan FC remporte notamment son groupe de Division 4 en 1986 avant d'atteindre la Division 3. En 1991, le club termine en tête de son groupe de Division 3 et retrouve la Division 2, où il évolue pendant deux saisons. Après un passage en National, Perpignan retrouve de nouveau la deuxième division en 1994 et y reste jusqu'en 1997. Cette dernière période professionnelle s'achève toutefois sur de graves difficultés financières : le club est rétrogradé administrativement en Division d'Honneur et devient le Sporting Perpignan Roussillon, avant de prendre successivement les noms de Perpignan Football Catalan en 2001 puis de Perpignan Canet Football Club en 2002.
L'année 2002 constitue un tournant majeur dans l'histoire du Canet Roussillon FC. Le Perpignan Football Catalan fusionne avec le FC Canet 66, héritier du football organisé à Canet-en-Roussillon depuis les années 1960. Le nouveau club prend le nom de Perpignan Canet Football Club et s'installe progressivement au stade Saint-Michel de Canet-en-Roussillon. Cette fusion rapproche ainsi les deux principaux pôles du football catalan et donne naissance à l'entité qui deviendra quelques années plus tard le Canet Roussillon FC. En 2014, à la suite du désengagement de la municipalité de Perpignan, le club adopte son nom actuel de Canet Roussillon Football Club et affirme son ancrage à Canet-en-Roussillon.
Après plusieurs saisons en Division d'Honneur, le Canet Roussillon FC retrouve le niveau national en 2017, grâce à son titre de champion de Division d'Honneur du Languedoc-Roussillon. Le club s'installe ensuite durablement dans les championnats nationaux et connaît son plus grand exploit sportif récent lors de la Coupe de France 2020-2021. Alors pensionnaire de National 2, Canet élimine l'Olympique de Marseille en huitièmes de finale sur le score de 2-1 au stade Gilbert-Brutus de Perpignan, avant de s'incliner face à Montpellier en quart de finale. Cette aventure historique, qui place le club parmi les belles surprises de la Coupe de France 2021, contribue fortement à la notoriété du Canet Roussillon FC bien au-delà des Pyrénées-Orientales.
NATIONAL
* 1 x Vainqueur de groupe de Division 3 : 1991
* 1 x Vainqueur de groupe de Division 4 : 1986
* 1 x Vainqueur de groupe de National 3 : 2020
RÉGIONAL
* 2 x Champion Ligue Languedoc-Roussillon : 1985, 2017
* 1 x Vainqueur Coupe Languedoc-Roussillon : 1996
