Fondé en 1907, le Football Club de Dole est l'un des clubs historiques du football jurassien. Pendant ses premières décennies, le club évolue principalement dans les championnats régionaux de Franche-Comté avant de s'imposer progressivement parmi les meilleures formations de la région. Cette progression atteint un premier sommet en 1948, lorsque le FC Dole remporte le championnat de Division d'Honneur de Franche-Comté sous la direction notamment de l'ancien international Albert D'Hulst. Ce titre permet au club d'accéder pour la première fois au Championnat de France amateur, alors principale compétition nationale réservée aux clubs amateurs.
Le FC Dole dispute alors deux saisons consécutives en Championnat de France amateur, en 1948-1949 et 1949-1950. Pour sa première apparition au niveau national, le club termine quatrième de son groupe Est, avant de connaître une saison plus difficile conclue par une neuvième place et une relégation en Division d'Honneur. Les Dolois retrouvent toutefois rapidement le sommet du football régional et remportent de nouveau le championnat de Franche-Comté en 1956 puis en 1958. Ces deux titres permettent au club de retrouver le Championnat de France amateur à deux reprises, en 1956-1957 puis en 1958-1959. Dans les deux cas, l'expérience ne dure qu'une saison, le FC Dole retrouvant à chaque fois la Division d'Honneur.
Après plusieurs décennies principalement passées dans les compétitions régionales, le FC Dole retrouve les championnats nationaux à la fin des années 1970. En 1978, le club accède à la Division 4 et découvre à nouveau le niveau national. La saison 1978-1979 est particulièrement réussie puisque les Dolois terminent deuxièmes de leur groupe, avec seulement quatre défaites en vingt-six rencontres, et obtiennent ainsi une accession en Division 3. Le FC Dole évolue donc en Division 3 lors de la saison 1979-1980 et termine huitième du groupe Est, réalisant ainsi son meilleur classement à ce niveau. La saison suivante est en revanche beaucoup plus difficile : le club termine seizième du groupe Centre et redescend en Division 4.
De retour en Division 4 en 1981-1982, le FC Dole connaît une saison compliquée et termine quatorzième de son groupe. Cette position entraîne sa relégation en Division d'Honneur de Franche-Comté et met fin à son dernier passage dans les championnats nationaux. Le club poursuit ensuite son activité au niveau régional durant les années 1980, avant qu'une nouvelle étape majeure n'intervienne en 1991. Le FC Dole fusionne alors avec l'US Tavaux-Damparis, autre club important du Jura ayant lui-même connu le niveau national, pour donner naissance au Dole-Tavaux Racing Club. Cette fusion marque la fin de l'histoire du FC Dole en tant que club indépendant et constitue l'origine du club aujourd'hui connu sous le nom de Jura Dolois Football.