Fondée en 1947, l’Union Sportive de Charnay s’inscrit pendant plusieurs décennies dans le paysage du football de Saône-et-Loire et de Bourgogne. Le club évolue principalement dans les compétitions régionales avant de connaître son principal essor au début des années 1990. En 1993, l’US Charnay franchit une étape importante en accédant au National 3, alors cinquième niveau du football français. Cette accession permet au club de découvrir pour la première fois les championnats nationaux et constitue le principal sommet de son histoire sous son identité propre.
Après plusieurs saisons au niveau régional et national, l’US Charnay connaît une importante évolution institutionnelle en 1997. Le club fusionne avec l’ASPTT Mâcon pour former l’Entente Charnay-Mâcon. Cette nouvelle structure rapproche ainsi deux pôles importants du football de l'agglomération mâconnaise et constitue une première étape vers la création d'une entité plus ambitieuse. Deux ans plus tard, en 1999, l’Entente Charnay-Mâcon fusionne à son tour avec le Football Club de Mâcon.
Cette seconde fusion donne naissance à l’Union du Football Mâconnais, qui devient l’héritier sportif de cette succession de rapprochements. L’histoire de l’US Charnay ne s’arrête donc pas simplement avec sa disparition en tant qu’entité indépendante : elle s’inscrit dans la construction progressive du football mâconnais moderne. De sa fondation en 1947 à son accession au National 3 en 1993, puis aux fusions de 1997 et 1999, le club aura participé à l'évolution du football local et contribué à la constitution de l'actuelle structure mâconnaise.