Le Paris Football Club naît le 1er août 1969, à l'initiative de la Fédération française de football qui souhaite redonner à Paris un grand club capable de représenter la capitale au plus haut niveau. À cette époque, le football professionnel parisien traverse une période difficile et la capitale ne possède plus de véritable club dans l'élite. Le nouveau Paris FC est d'abord un projet ambitieux mais atypique : durant sa première saison, il ne possède ni équipe professionnelle ni stade et fonctionne essentiellement comme une structure destinée à préparer la création d'un grand club parisien. En 1970, le Paris FC s'associe finalement au Stade Saint-Germain, club basé à Saint-Germain-en-Laye et évoluant alors en Division 2. De cette fusion naît le Paris Saint-Germain Football Club, qui remporte le championnat de Division 2 en 1971 et accède à la première division.
L'union entre les deux structures ne dure toutefois que deux saisons. En 1972, le Paris FC et le Paris Saint-Germain se séparent : le Paris FC récupère la structure professionnelle et la place en première division, tandis que le PSG conserve l'équipe amateur et repart en Division 3. Pour poursuivre son activité, le Paris FC fusionne avec le Cercle athlétique montreuillois, dont la section football est intégrée à la nouvelle organisation. Cette séparation constitue un épisode fondamental de l'histoire du football parisien : le Paris FC devient alors un club professionnel indépendant et dispute ses deux premières saisons sous sa propre identité en D1. Il termine douzième du championnat en 1972-1973, puis connaît une saison beaucoup plus difficile en 1973-1974 qui se conclut par une 19e place et une relégation en Division 2. Le club ne parvient pas à retrouver immédiatement l'élite et entre progressivement dans une période de déclin sportif et financier.
Au début des années 1980, le Paris FC connaît une nouvelle tentative de relance spectaculaire. L'homme d'affaires Jean-Luc Lagardère rachète le club en 1982 avec l'ambition de construire un deuxième grand club parisien derrière le Paris Saint-Germain. Il rebaptise alors la formation Racing Paris 1 et adopte les couleurs du prestigieux Racing Club de France. En 1983, la structure professionnelle est finalement transférée au Racing Club de France dans le cadre du projet de fusion, tandis que les équipes restantes du Paris FC repartent au quatrième niveau sous le nom de Paris FC 83. Cette décision entraîne une nouvelle traversée du désert : pendant plusieurs décennies, le club évolue principalement entre les troisième et quatrième échelons du football français. Il connaît néanmoins plusieurs remontées, notamment en Division 3 à la fin des années 1980, avant de retrouver progressivement une place plus stable dans le football national.
La renaissance sportive du Paris FC intervient véritablement au début des années 2010. Après avoir retrouvé le National en 2012, le club réalise une saison remarquable en 2014-2015 et termine deuxième du championnat, ce qui lui permet de retrouver la Ligue 2 et le professionnalisme pour la première fois depuis 1983. Cette remontée constitue le point de départ d'une nouvelle période de stabilité. Le Paris FC s'installe durablement dans le deuxième niveau et se rapproche progressivement de la Ligue 1. Le club participe notamment aux barrages d'accession en 2019, 2021, 2022 et 2024, sans parvenir à franchir le dernier obstacle. Parallèlement, le PFC développe fortement sa formation et construit un projet ambitieux autour du football masculin et féminin. En 2017, la section féminine fusionne avec le FCF Juvisy, donnant naissance à une équipe féminine qui s'installe elle aussi parmi l'élite du football français.
Après plusieurs années de progression, le Paris FC connaît un nouveau changement de dimension à partir de 2024, avec l'entrée d'Agache Sport, holding de la famille Arnault, au capital du club. Cette évolution accompagne les ambitions croissantes de l'équipe parisienne, qui réalise en 2024-2025 la meilleure saison de son histoire récente. Sous la direction de Stéphane Gilli, le Paris FC reste toute la saison parmi les équipes de tête de Ligue 2 et valide officiellement son accession à la Ligue 1 le 2 mai 2025, après un match nul 1-1 contre Martigues. Le club retrouve ainsi l'élite 46 ans après sa dernière apparition en première division, en 1979. Cette montée marque un tournant historique pour le football parisien puisque le Paris FC rejoint le Paris Saint-Germain en Ligue 1, offrant à la capitale un derby inédit au plus haut niveau. Pour sa saison 2025-2026, le club s'installe au stade Jean-Bouin, à proximité immédiate du Parc des Princes, et ouvre ainsi un nouveau chapitre de son histoire.
NATIONAL PROFESSIONNEL
* 1 x Vice-champion de France de Ligue 2 : 2025
NATIONAL AMATEUR
* 1 x Vainqueur de groupe de Division 3 : 1974
* 1 x Vainqueur de groupe de CFA : 2006
* 1 x Vainqueur de groupe de Division 4 : 1989
RÉGIONAL
* 3 x Champion Ligue Paris-Île de France : 1988, 2010, 2026 (gr.B)