L’histoire du FC Saint-Leu 95 remonte à 1912, avec la fondation de l’Étoile de Saint-Leu, club omnisports dont la section football va progressivement s’imposer dans le paysage sportif de Saint-Leu-la-Forêt. En 1969, la section football prend son indépendance et poursuit son développement avant d’adopter le nom de Football Club de Saint-Leu en 1974. Le club devient alors progressivement l’un des principaux représentants du football valdoisien. Après avoir remporté le championnat de Division d’Honneur de la Ligue de Paris-Île-de-France, le FC Saint-Leu accède pour la première fois aux championnats nationaux en 1984.
Les années 1990 constituent la première grande période de gloire du FC Saint-Leu. Après plusieurs saisons passées à jouer les premiers rôles en Division 4 puis dans les divisions nationales, le club termine à la deuxième place de son groupe de Division 3 en 1991 puis en 1992. La troisième tentative est finalement la bonne : en 1993, le FC Saint-Leu remporte son groupe et accède au National 1, alors troisième niveau du football français. Le club parvient à se maintenir durant trois saisons et termine notamment à une honorable 8e place lors de l’exercice 1995-1996.
Cette période est également marquée par plusieurs belles épopées en Coupe de France. En 1994, le FC Saint-Leu atteint les trente-deuxièmes de finale et s’incline de peu face au FC Metz, pensionnaire de première division. La saison suivante est encore plus remarquable : après avoir éliminé le FC Nantes aux tirs au but, alors futur champion de France, le club atteint les huitièmes de finale de la compétition avant de s’incliner face au RC Strasbourg. Ces performances contribuent à faire du FC Saint-Leu l’un des clubs amateurs les plus en vue de la région parisienne.
À l’été 1996, alors que le FC Saint-Leu évolue en National 1, le club s’associe à l’US Saint-Denis pour donner naissance au Saint-Denis-Saint-Leu FC. Cette fusion s’inscrit dans un ambitieux projet visant à créer un grand club de la banlieue parisienne et, à terme, à faire du nouveau club un résident du Stade de France. Malgré une première saison encourageante en National, le projet se heurte rapidement à d’importantes difficultés financières. Rétrogradé administrativement en CFA en 1998, le club dispute encore une saison à ce niveau avant son dépôt de bilan à l’été 1999. Saint-Leu et Saint-Denis reprennent alors leur indépendance et le FC Saint-Leu repart au niveau régional.
Après cette lourde période, le FC Saint-Leu entreprend une reconstruction progressive. Le club retrouve notamment les projecteurs en Coupe de France lors de la saison 2001-2002, avec un seizième de finale disputé au Stade Vélodrome face à l’Olympique de Marseille. En 2002, une nouvelle fusion avec le Plessis-Bouchard donne naissance au FC Saint-Leu-Plessis-Bouchard 95. Le club retrouve ensuite son appellation FC Saint-Leu 95 en 2015, avant de connaître un nouveau cycle de progression sportive au cours des années suivantes. Cette histoire, marquée par une accession jusqu’au troisième niveau national, plusieurs parcours remarqués en Coupe de France et une spectaculaire aventure autour du Stade de France, fait du FC Saint-Leu 95 l’un des clubs historiques du football valdoisien.