Créé en 1956, le Bataillon de Joinville est une unité militaire destinée à permettre aux sportifs français de haut niveau d’effectuer leur service militaire tout en poursuivant leur carrière sportive dans des conditions adaptées. Installé initialement à Joinville-le-Pont, le bataillon rassemble des athlètes issus de nombreuses disciplines et devient rapidement l’un des principaux dispositifs français de soutien au sport de haut niveau. La section football s’inscrit dans cette organisation et accueille de nombreux jeunes joueurs appelés à effectuer leur service militaire. À partir de 1967, les activités sportives du bataillon sont regroupées au sein de l’École interarmées des sports à Fontainebleau.
L’année 1967 marque une étape exceptionnelle pour la section football. Dans le cadre d’une expérience destinée notamment à renforcer la préparation de l’équipe de France militaire et des sportifs sélectionnés pour les Jeux olympiques de Mexico, le Bataillon de Joinville est engagé en Championnat de France de Division 2, alors compétition professionnelle. Malgré son statut militaire et l’absence de possibilité d’accession en première division, l’équipe dispute l’intégralité de la saison 1967-1968 et termine à une remarquable huitième place avec quinze victoires, sept matchs nuls et douze défaites. Les rencontres à domicile sont notamment disputées au Parc des Princes.
Le Bataillon de Joinville poursuit l’expérience en Division 2 lors de la saison 1968-1969. Cette deuxième campagne est beaucoup plus difficile et l’équipe termine à la 19e place avec huit victoires, douze matchs nuls et vingt défaites. À l’issue de cette saison, le dispositif évolue : le Bataillon quitte la Division 2 et participe au Championnat de France amateur (CFA) en 1969-1970. Pour sa seule saison à ce niveau, il termine onzième du groupe Centre. En trois saisons dans les compétitions nationales de la Fédération française de football, la section football du Bataillon de Joinville aura donc disputé deux exercices en Division 2 et un en CFA.
Après 1970, le Bataillon de Joinville ne participe plus aux championnats civils de la FFF et retrouve les compétitions militaires. Sa mission reste toutefois essentielle dans l’accompagnement des sportifs de haut niveau appelés sous les drapeaux. Pendant plusieurs décennies, l’institution permet à des milliers d’athlètes de concilier obligations militaires et pratique sportive de haut niveau. La suspension du service national obligatoire entraîne finalement la mise en sommeil du Bataillon de Joinville en juin 2002, mettant fin à l’existence de cette structure sous sa forme historique. L’histoire de sa section football demeure particulière dans le football français, puisqu’elle constitue l’un des rares exemples d’une équipe militaire ayant évolué au sein du championnat professionnel de deuxième division.