Fondé en 1908 dans le quartier strasbourgeois de Cronenbourg, le Football Club de Kronenbourg s'inscrit depuis plus d'un siècle dans l'histoire du football alsacien. Après plusieurs décennies consacrées aux compétitions locales et régionales, le club connaît son premier grand essor à la fin des années 1960. Sous la direction d'Edmond Haan, le FC Kronenbourg s'impose progressivement parmi les meilleures formations de la Division d'Honneur Alsace et décroche en 1969 le titre de champion régional. Cette performance lui permet d'accéder pour la première fois au Championnat de France Amateur, alors troisième niveau de la hiérarchie nationale.
Pour sa première saison au niveau national, en 1969-1970, le FC Kronenbourg évolue dans le groupe Est du CFA. Le club termine à la 13e place sur 14, avec six victoires, quatre matchs nuls et seize défaites, mais bénéficie de la réorganisation des championnats pour conserver sa place au niveau national. La saison suivante, le CFA laisse place à la nouvelle Division 3, et Kronenbourg poursuit son aventure au troisième échelon. L'expérience tourne cependant court : avec seulement trois victoires et un match nul en vingt-deux journées, le club termine dernier de son groupe Est et retrouve la Division d'Honneur Alsace à l'issue de la saison 1970-1971.
Après cette première expérience nationale, le FC Kronenbourg doit patienter plus d'une décennie avant de retrouver les championnats français. Le club se reconstruit dans les compétitions régionales et remporte à nouveau le championnat de Division d'Honneur Alsace en 1983, obtenant ainsi une nouvelle accession au niveau national. Cette fois, le club s'installe durablement en Division 4 : il termine cinquième de son groupe lors de la saison 1983-1984, puis réalise son meilleur classement à ce niveau en 1984-1985, avec une remarquable troisième place dans le groupe C. Cette période constitue le deuxième âge d'or du club strasbourgeois.
Le FC Kronenbourg reste finalement trois saisons en Division 4, de 1983 à 1986. La saison 1984-1985 est également marquée par un beau parcours en Coupe de France, avec une qualification jusqu'aux 32es de finale, où le club s'incline de justesse face au Besançon RC sur le score de 1-0. En 1985-1986, les résultats sont plus difficiles : Kronenbourg termine 14e du groupe C et est relégué en Division d'Honneur Alsace. Cette nouvelle descente marque la fin de la présence du club dans les championnats nationaux pour plusieurs décennies.
Après 1986, le FC Kronenbourg poursuit son histoire principalement dans les compétitions régionales alsaciennes. Le club connaît ensuite une longue période éloignée du niveau national, avant d'amorcer une nouvelle remontée au cours des années 2010. En 2016, il remporte son groupe d'Excellence du Bas-Rhin et retrouve la Division d'Honneur, puis évolue de nouveau au plus haut niveau régional. L'histoire du FC Kronenbourg reste ainsi marquée par deux grandes périodes nationales : son passage en CFA puis en Division 3 entre 1969 et 1971, et ses trois saisons en Division 4 entre 1983 et 1986. Plus d'un siècle après sa fondation, le club demeure une figure historique du football du quartier de Cronenbourg et du football strasbourgeois.