L'histoire de l'Union Sportive de Mer débute en 1969, lorsque deux clubs de la commune, La Méroise et l'Étoile Saint-Hilaire, fusionnent pour donner naissance à une nouvelle entité destinée à structurer durablement la pratique du football à Mer. Le club démarre dans les compétitions régionales et gravit progressivement les différents échelons de la Ligue du Centre. Durant les années 1970, l'US Mer connaît une ascension régulière qui la conduit jusqu'à la Division d'Honneur. Cette progression est notamment accompagnée par l'entraîneur Alain Michel, qui prend en charge l'équipe première en 1977 et joue un rôle majeur dans l'accession du club au niveau national.
L'aboutissement de cette progression intervient en 1980, lorsque l'US Mer remporte le championnat de Division d'Honneur Centre et obtient sa première accession en Division 4. Pour sa première saison au niveau national, en 1980-1981, les Mérois réalisent une performance remarquable : ils terminent 2es du groupe B, à égalité de points avec le CA Lisieux, et décrochent ainsi leur accession en Division 3. Avec quatorze victoires, neuf matchs nuls et seulement trois défaites en 26 rencontres, l'US Mer s'impose alors comme l'une des révélations du football amateur national.
Le club dispute ensuite deux saisons en Division 3. Pour sa première année à ce niveau, en 1981-1982, l'US Mer termine à une excellente 9e place du groupe Centre-Ouest, avec neuf victoires, douze matchs nuls et neuf défaites. La saison suivante est beaucoup plus difficile : l'équipe ne remporte que quatre rencontres et termine 15e sur 16, entraînant sa relégation en Division 4. De retour au quatrième niveau national en 1983-1984, les Mérois se maintiennent sans difficulté et terminent même 5es de leur groupe la saison suivante. L'US Mer dispute finalement quatre saisons consécutives en Division 4, avant de terminer 13e du groupe B en 1985-1986 et de retrouver la Division d'Honneur Centre. Au total, le club aura passé six saisons consécutives dans les championnats nationaux entre 1980 et 1986.
La période 1980-1986 constitue l'âge d'or de l'US Mer. En seulement quelques années, le club passe du championnat régional au troisième niveau national et se maintient pendant deux saisons en Division 3, avant de retrouver la Division 4. Après sa relégation en 1986, l'équipe reste plusieurs saisons en Division d'Honneur Centre, obtenant notamment une quatrième place dès 1986-1987. Elle connaît ensuite une période plus difficile au début des années 1990, avec une nouvelle descente en Promotion d'Honneur. Le club parvient néanmoins à reconstruire progressivement son équipe première et retrouve la Division d'Honneur à la fin des années 1990, où il évolue encore plusieurs saisons au début des années 2000.
Depuis cette période faste, l'US Mer a principalement évolué dans les championnats régionaux du Centre-Val de Loire. Le club a néanmoins connu plusieurs remontées et continue de s'appuyer sur une importante activité de formation et sur un fort ancrage local. Son palmarès régional comprend notamment huit victoires en Coupe de Loir-et-Cher, dont celle de 1980, année de son titre de champion du Centre. Aujourd'hui encore, l'Union Sportive de Mer perpétue l'héritage du club fondé à la fin des années 1960 et demeure l'un des clubs historiques du football du Loir-et-Cher, avec comme sommet sportif de son histoire ses deux saisons passées en Division 3 et ses six années consécutives dans les championnats nationaux.
