Le FC Le Plessis-Trévise-Villecresnes est créé en 1991 à la suite de la fusion entre le club du Plessis-Trévise et l’US Villecresnes. Cette opération intervient alors que Villecresnes évolue au troisième niveau du football français. La nouvelle entité bénéficie ainsi immédiatement d'une place dans le championnat de Division 3, ce qui permet au football du Val-de-Marne de se retrouver représenté à un niveau national particulièrement élevé. Cette présence en Division 3 constitue le point culminant de la courte histoire du club.
La première saison du FC Le Plessis-Trévise-Villecresnes au niveau national est cependant difficile. En 1992, l'équipe termine dans la partie basse de son groupe de Division 3 et est reléguée en Division 4, quatrième niveau du football français. La réforme des compétitions nationales intervient dès la saison suivante : la Division 4 disparaît et laisse notamment place au National 3, nouvelle appellation du quatrième échelon national. Le club poursuit donc son parcours sous cette nouvelle formule lors de la saison 1993-1994.
Cette expérience au niveau national ne dure toutefois que quelques saisons. En 1994, le FC Le Plessis-Trévise-Villecresnes est relégué en Division d’Honneur Paris-Île-de-France, quittant ainsi les championnats nationaux. Cette rétrogradation marque la fin de la courte période d'implantation du club dans le football national. En l'espace de seulement trois saisons, l'équipe est passée du troisième au niveau régional, illustrant les difficultés rencontrées par cette nouvelle entité pour s'inscrire durablement dans la hiérarchie du football français.
De retour dans les compétitions régionales franciliennes, le club ne parvient pas à retrouver le niveau qui avait été celui de l'US Villecresnes quelques années auparavant. Cette période est marquée par une baisse progressive de son influence sportive et par les difficultés liées à la pérennisation de la structure issue de la fusion de 1991. Après seulement quelques années d'existence, le FC Le Plessis-Trévise-Villecresnes disparaît finalement en 1997, mettant un terme à une aventure particulièrement brève dans le football français.
Malgré sa courte existence, le club aura donc connu une trajectoire singulière : créé en 1991 à la faveur d'une fusion, il évolue immédiatement en Division 3, avant de connaître deux relégations successives et de retrouver rapidement le niveau régional. Son passage au troisième échelon national constitue le principal fait marquant de son histoire et témoigne de la place qu'occupait alors le football de l'est parisien dans les championnats nationaux.