Fondé en 1928, l’Olympique Ajaccio s’impose progressivement comme l’un des clubs importants du football corse. Pendant plusieurs décennies, le club évolue principalement dans les compétitions régionales, avant de connaître une première grande période de progression à la fin des années 1970. En 1978, l’Olympique Ajaccio remporte le championnat de Corse et accède pour la première fois de son histoire à la Division 3. Cette découverte du football national est cependant de courte durée : le club est relégué en Division 4 dès 1979, puis retrouve le championnat régional en 1980.
L’Olympique Ajaccio réagit rapidement et remporte de nouveau le championnat de Corse en 1981, ce qui lui permet de retrouver la Division 4. Après plusieurs saisons au niveau national, le club est de nouveau relégué en Division d’Honneur Corse en 1986. Il lui faut alors plusieurs années pour reconstruire un effectif capable de retrouver les championnats nationaux. Cette nouvelle progression aboutit en 1993, lorsque l’Olympique Ajaccio décroche son troisième titre de champion de Corse et obtient son accession au National 3, alors cinquième niveau du football français. Cette promotion constitue le dernier grand fait sportif de l'histoire indépendante du club.
En 1997, l’Olympique Ajaccio connaît une profonde transformation institutionnelle en rejoignant le Gazélec Ajaccio, qui évolue alors lui aussi au niveau national. L’Olympique est intégré à la nouvelle structure issue du rapprochement, baptisée Gazélec Football Club Olympique d’Ajaccio (GFCOA). Cette opération met fin à l’existence de l’Olympique Ajaccio en tant que club indépendant après près de sept décennies d'histoire. Son parcours reste néanmoins marqué par trois titres de champion de Corse, plusieurs passages dans les championnats nationaux et une accession historique en Division 3 en 1978, faisant de l'OA l'un des clubs ayant participé à l'histoire du football ajaccien avant son intégration au Gazélec.
