Fondé en 1919 sous le nom d'Union Club Bagnols-sur-Cèze, le club devient progressivement l'une des principales formations du football gardois. En 1958, il change d'identité et devient l'Entente Sportive Bagnols-Marcoule, appellation qu'il conserve pendant près d'un quart de siècle. En 1983, le club reprend son nom historique d'UC Bagnols et poursuit son développement dans les championnats régionaux du Languedoc-Roussillon. Une nouvelle étape est franchie en 1992, lorsque l'UC Bagnols fusionne avec Bagnols Jeunesse pour former l'UC Bagnols Jeunesse (JUC Bagnols). Cette nouvelle structure va rapidement connaître la période la plus faste de son histoire.
En 1995, le JUC Bagnols remporte le championnat de Division d'Honneur du Languedoc-Roussillon, décrochant ainsi son accession au National 3, alors cinquième niveau du football français. Pour sa première saison à ce niveau, le club réalise une excellente performance en terminant troisième de son groupe en 1995-1996, avant de prendre la sixième place la saison suivante. À partir de 1997, la réforme des compétitions entraîne le remplacement du National 3 par le CFA 2 : Bagnols découvre donc cette nouvelle compétition lors de la saison 1997-1998. Le club ne parvient toutefois pas à se maintenir et termine quatorzième de son groupe, entraînant son retour en Division d'Honneur du Languedoc-Roussillon en 1998. Malgré sa brièveté, ce passage de trois saisons dans les championnats nationaux constitue l'apogée sportive du JUC Bagnols.
Après une dernière saison difficile en 1999-2000, conclue par une douzième place en Division d'Honneur et une relégation, le JUC Bagnols choisit de réunir ses forces avec l'Indépendante de Pont-Saint-Esprit, autre club historique du Gard rhodanien. Le JUC Bagnols est dissous le 30 juin 2000, tandis que le Football Club Bagnols-Pont est officiellement créé le 21 juillet 2000. Cette fusion met fin à plus de huit décennies d'histoire du club bagnolais sous ses différentes appellations, mais permet au football local de poursuivre son développement au sein d'une nouvelle structure. Le FC Bagnols-Pont connaîtra par la suite plusieurs retours dans les championnats nationaux, notamment en CFA 2 en 2005 et 2010.
