L'histoire du Football Club de Vannes remonte à 1946, lorsque l'Union Clissons Korrigans (UCK) est créée à la suite de la fusion de deux anciens patronages vannetais, les Clissons et les Korrigans. La section football de l'UCK devient rapidement l'une des principales formations de la ville et progresse dans les championnats régionaux. Après avoir remporté le championnat de Division d'Honneur de Bretagne en 1970, le club accède pour la première fois à la Division 3. L'expérience au troisième niveau national dure trois saisons, jusqu'à la relégation en 1973, mais marque le début d'une période où le football vannetais s'installe régulièrement dans les championnats nationaux.
Après quelques années au niveau régional, l'UCK Vannes retrouve les championnats nationaux en 1978, avec une accession en Division 4. Deux ans plus tard, en 1980, le club remonte en Division 3 et retrouve ainsi le troisième échelon du football français. Il y reste jusqu'en 1986, avant de redescendre en Division 4, puis obtient une nouvelle promotion en Division 3 dès 1987. Durant cette période, le club entretient une rivalité importante avec l'autre grande formation vannetaise, le Véloce vannetais, les deux équipes évoluant simultanément en Division 3 au cours des années 1980. Ces derbys contribuent à faire de Vannes une place importante du football breton à ce niveau.
La fin des années 1980 et le début des années 1990 marquent toutefois le déclin sportif de l'UCK. En 1991, sa section football prend son indépendance et adopte le nom de Football Club de Vannes. Le changement d'identité ne permet pas d'enrayer immédiatement les difficultés : le club quitte la Division 3 et poursuit sa descente dans la hiérarchie nationale, jusqu'à une relégation en National 2 en 1994, puis en CFA 2 en 1997. Malgré ces difficultés, le FC Vannes reste l'un des deux principaux clubs de la ville et conserve une place importante dans le football morbihannais.
En 1998, le FC Vannes et le Véloce vannetais, dont l'équipe évolue elle aussi au niveau régional après avoir connu la Division 3, décident de réunir leurs forces. La fusion des deux clubs donne naissance au Vannes Olympique Club (VOC), qui devient le nouveau représentant du football vannetais. Cette création met fin à l'histoire du FC Vannes sous cette appellation après plus de cinquante années d'existence, mais son héritage est directement intégré au nouveau club. Le Vannes Olympique Club connaîtra par la suite une ascension remarquable, avec notamment un titre de champion de National en 2008, une accession en Ligue 2 et une finale de Coupe de la Ligue en 2009.