Fondée en 1961, l'Entente Sportive Coutançaise est née de la fusion de deux clubs historiques de Coutances : le Club Sportif Coutançais, créé en 1906, et la section football de la Jeanne d'Arc de Coutances, fondée en 1921. Cette fusion donne naissance au club actuel, qui devient rapidement un acteur important du football dans la Manche et en Basse-Normandie. L'ES Coutances évolue durant ses premières décennies dans les championnats régionaux et construit progressivement son ascension. Le club remporte notamment le championnat de première division de Basse-Normandie en 1965, puis celui de Promotion d'Honneur en 1976 et 1986, avant de décrocher le titre de Division Régionale Supérieure en 1994. Ces différents succès permettent au club de gravir progressivement les échelons du football régional.
L'aboutissement de cette progression intervient en 1996, lorsque l'ES Coutances remporte le championnat de Division d'Honneur de Basse-Normandie. Avec 11 victoires, 7 matchs nuls et seulement 4 défaites en 22 journées, les Coutançais terminent en tête du championnat avec deux points d'avance sur l'ASPTT Caen et obtiennent ainsi la première accession de leur histoire au niveau national. Pour la saison 1996-1997, le club découvre le National 3, l'ancienne appellation du cinquième niveau national, et réalise une première saison honorable en terminant à la 11e place de son groupe. Cette accession constitue alors le sommet de l'histoire de l'ES Coutances et permet au club de représenter la ville de Coutances sur la scène nationale.
L'aventure nationale se poursuit en 1997-1998, avec la participation du club au championnat de CFA 2, nouvelle appellation du cinquième niveau national à partir de cette saison. Cette deuxième saison est beaucoup plus difficile : Coutances termine dernier de son groupe avec seulement deux victoires et un match nul en trente rencontres. Le club est alors relégué au niveau régional à l'issue de la saison 1997-1998. Malgré ce passage relativement bref dans les championnats nationaux, l'accession de 1996 reste le principal fait d'armes de l'ES Coutances et constitue l'un des moments majeurs de son histoire.
