L'histoire du FC Versailles plonge ses racines dans les débuts du football à Versailles, au cours des années 1930. Deux équipes de patronage, l'Espérance Versaillaise et l'Escouade Versaillaise, pratiquent alors le football dans la cité royale. Elles fusionnent en 1941-1942 pour former l'Entente Sportive Versaillaise, qui s'installe progressivement dans les championnats régionaux. Le nouveau club se distingue rapidement en Coupe de France, atteignant les 32es de finale en 1945 puis les 16es de finale en 1948, meilleure performance du club pendant plusieurs décennies. En 1960, l'Entente Sportive Versaillaise fusionne avec le SOV-FACV pour donner naissance au Racing Club de Versailles. L'arrivée du stade Montbauron, inauguré au début des années 1960, accompagne les ambitions nouvelles du football versaillais.
Le véritable âge d'or du Racing Club de Versailles intervient dans les années 1980. Après plusieurs saisons dans les divisions régionales et nationales, le RCV remporte le championnat de Division d'Honneur de la Ligue de Paris Île-de-France en 1985, accédant ainsi à la Division 4. Dès sa première saison à ce niveau, il termine en tête de son groupe et obtient une deuxième promotion consécutive, qui lui permet d'atteindre pour la première fois la Division 3 en 1986. Versailles se maintient alors à ce niveau pendant trois saisons et signe les meilleurs classements de son histoire, avec notamment une neuvième place en 1987 et 1988. Le club atteint également deux fois les 32es de finale de la Coupe de France, affrontant notamment l'Olympique de Marseille en 1987. En 1989, le Racing Club de Versailles fusionne avec les Compagnons Sportifs Versaillais et devient officiellement le FC Versailles 78, nom qu'il porte encore aujourd'hui.
La naissance du FC Versailles 78 coïncide malheureusement avec le début d'une longue période de déclin. Relégué en Division 4 en 1990 puis en Division 5 en 1995, le club finit par atteindre la CFA2 en 1998-1999 avant de redescendre au niveau régional. Malgré les difficultés de l'équipe première, Versailles développe une remarquable réputation dans la formation des jeunes joueurs. Plusieurs futurs internationaux français passent ainsi par le club, parmi lesquels Thierry Henry, Jérôme Rothen et Hatem Ben Arfa. Le renouveau sportif intervient à la fin des années 2000 : en 2010, le FC Versailles réalise l'un des plus beaux exploits de son histoire en éliminant le Dijon FCO, alors pensionnaire de Ligue 2, en Coupe de France. Après plusieurs années de progression, le club remporte le championnat de Division d'Honneur en 2017 et retrouve enfin le niveau national après dix-huit années d'attente. Il atteint ensuite le National 2 en 2020, après l'arrêt prématuré des championnats provoqué par la pandémie de Covid-19.
Les années 2020 marquent une véritable révolution dans l'histoire du FC Versailles. En 2022, pour sa première saison complète en National 2, le club réalise une campagne exceptionnelle : il termine en tête de son groupe et accède au National, tout en atteignant les demi-finales de la Coupe de France, après avoir notamment éliminé Toulouse, alors leader de Ligue 2, en huitièmes de finale. Cette épopée propulse le club sur le devant de la scène nationale. En juin 2023, le FC Versailles est repris par Alexandre Mulliez et Fabien Lazare, avant que Pierre Gasly ne rejoigne le projet comme troisième associé en 2024. Après trois saisons en National, le club franchit une nouvelle étape en 2026 avec la création de la Ligue 3, nouveau championnat professionnel fédéral qui remplace le National à partir de la saison 2026-2027. Le FC Versailles fait partie des clubs appelés à participer à cette première édition et obtient ainsi, pour la première fois de son histoire, l'accès au football professionnel. Cette accession constitue l'aboutissement d'une spectaculaire remontée, moins d'une décennie après son retour dans les championnats nationaux.
NATIONAL
- 1 x Vainqueur groupe de National 2 : 2022
- 1 x Vainqueur groupe de Division 4 : 1986
- 1 x Vainqueur groupe de National 3 : 2020
RÉGIONAL
- 2 x Champion Ligue Paris-Île de France : 1985, 2017
- 1 x Champion de groupe Ligue Paris-Île de France : 2025
