L'histoire du CEP Poitiers Football trouve ses origines à la fin du XIXe siècle avec la création, en 1892, du Patronage Saint-Joseph, structure destinée à proposer des activités sportives et éducatives à la jeunesse poitevine. Plusieurs décennies plus tard, en 1942, le club prend une nouvelle dimension avec la création de l'Association Sportive sous l'appellation Cercle d'Éducation Physique de Poitiers, dont les initiales CEP deviendront progressivement indissociables du football poitevin. Le club s'inscrit alors durablement dans les compétitions régionales du Centre-Ouest et devient au fil des années l'une des formations historiques de Poitiers. Son parcours reste principalement régional jusqu'à la fin des années 1990, période durant laquelle le CEP connaît son principal essor sportif.
En 1999, le CEP Poitiers réalise une performance majeure en remportant le championnat du Centre-Ouest, ce qui lui permet d'accéder au Championnat de France Amateur 2 (CFA 2), cinquième niveau de la hiérarchie nationale. Cette promotion récompense plusieurs années de progression et permet au club de retrouver les compétitions nationales amateurs. L'expérience est toutefois de courte durée : après deux saisons au niveau national, le CEP est relégué en Division d'Honneur du Centre-Ouest en 2001. Le club poursuit ensuite son activité dans les championnats régionaux, jusqu'à une nouvelle étape majeure dans l'histoire du football poitevin au milieu des années 2000.
En 2007, les équipes seniors du CEP Poitiers et du Poitiers Foot 86 fusionnent afin de créer une nouvelle structure destinée à réunir les forces du football de la ville : le Stade Poitevin Football Club. Cette opération met fin à la présence du CEP en tant qu'équipe senior autonome dans les compétitions engagées dans la fusion, mais l'association CEP poursuit ses activités et conserve son identité historique. Le club reprend notamment le nom de CEP Poitiers 1892 et reconstitue par la suite des équipes seniors engagées dans les championnats départementaux. Le CEP demeure ainsi l'une des institutions historiques du football poitevin, avec une filiation remontant à 1892 et un passage notable par les championnats nationaux à la fin des années 1990.
