Fondé officiellement en 1909, l’Arin Luzien trouve en réalité ses origines dès 1907 à Saint-Jean-de-Luz. Déclaré à la sous-préfecture de Bayonne le 21 septembre 1909 sous le nom d’Arin Sporting Club Luzien, le club est à l’origine un patronage catholique omnisports, où sont notamment pratiqués le football, la pelote basque, l’athlétisme, la gymnastique et le tennis. La section football s’impose rapidement comme l’une des principales activités de l’association et permet à l’Arin de devenir un véritable porte-étendard du football basque. Entre 1920 et 1953, le club remporte à sept reprises le Championnat de France des patronages, en 1920, 1922, 1923, 1943, 1946, 1947 et 1953.
Après plusieurs décennies de présence dans les compétitions régionales, l’Arin Luzien connaît un premier retour au niveau national en 1990. Champion d’Aquitaine de Division d’Honneur, le club accède alors à la Division 4. L’expérience se poursuit pendant deux saisons, avant une relégation en Division d’Honneur Aquitaine en 1992. L’Arin conserve toutefois une belle réputation dans les compétitions de coupe, avec notamment une victoire en 1981 au sixième tour de la Coupe de France contre Angoulême, alors club professionnel, puis un 32e de finale en 1986 face au Stade Lavallois, pensionnaire de Division 1.
En 2000, l’Arin Luzien réalise une nouvelle performance majeure en remportant le championnat d’Aquitaine de Division d’Honneur. Ce titre lui permet de retrouver le niveau national avec une accession en CFA2, alors cinquième échelon du football français. La même année, le club réalise un doublé en remportant également la Coupe d’Aquitaine. L’Arin dispute ensuite quatre saisons consécutives en CFA2, avec notamment une neuvième place en 2002-2003, sa meilleure performance sur cette période.
En 2004, après quatre saisons au niveau national, l’Arin Luzien termine treizième de son groupe de CFA2 et est relégué en Division d’Honneur Aquitaine. Cette période met fin à la deuxième grande expérience nationale du club, qui aura disputé six saisons au total dans les championnats nationaux, entre la Division 4 et le CFA2. Depuis, l’Arin poursuit son histoire dans les championnats régionaux et continue de représenter le football de Saint-Jean-de-Luz.