Fondée en 1991, l’Entente CAFC Péronne s’inscrit rapidement dans le paysage du football amateur de la Somme. Issue du regroupement de plusieurs forces du football local, l’association ambitionne de réunir les joueurs et les structures de Péronne autour d’un projet sportif commun. Le club progresse progressivement dans les championnats régionaux et parvient en quelques années à s’imposer comme une formation compétitive du football picard.
L’Entente CAFC Péronne connaît son principal succès sportif à la fin des années 1990. En 1999, le club réalise une saison remarquable et obtient son accession au CFA2, alors cinquième niveau de la hiérarchie du football français. Cette promotion constitue une étape historique pour le club, qui découvre pour la première fois le championnat national et se mesure pendant plusieurs saisons à des équipes venues de Picardie et des régions voisines.
Après plusieurs saisons au niveau national, l’aventure de l’Entente CAFC Péronne en CFA2 prend fin en 2004. Le club est alors relégué en Division d’Honneur Picardie et retrouve le niveau régional. Malgré cette descente, le passage en CFA2 reste l’un des moments les plus marquants de l’histoire de l’Entente CAFC Péronne, récompensant le parcours réalisé depuis sa fondation en 1991.