Le Football Club Issy-les-Moulineaux est fondé en 1987 dans la commune d’Issy-les-Moulineaux, dans les Hauts-de-Seine. Le club s’inscrit progressivement dans le paysage du football francilien et développe une activité importante autour de la formation et de la pratique du football. La création de l’association est officiellement enregistrée le 27 mai 1987.
Le FC Issy se fait connaître sur la scène nationale grâce à un premier parcours marquant en Coupe de France lors de la saison 2001-2002. Alors pensionnaire de Division Supérieure Régionale (DSR), le club réalise l’une des grandes performances de son histoire en atteignant les 16es de finale. Après avoir éliminé le CS Avion, formation évoluant en CFA, les Isséens affrontent l’Amiens SC, alors pensionnaire de deuxième division, et s’inclinent sur le score de 1-0. Cette aventure constitue à l’époque le meilleur parcours du FC Issy en Coupe de France.
Après cette première épopée, le club poursuit sa progression dans les compétitions régionales. La fin des années 2000 marque une nouvelle phase de développement, notamment à partir de 2007 avec l’arrivée d’Henriqué Marques à la direction générale et d’Antonio Tavares à la direction technique. Le FC Issy consolide alors son organisation et poursuit son développement, jusqu’à atteindre le plus haut niveau régional francilien.
La saison 2010-2011 constitue le grand tournant de l’histoire du FC Issy-les-Moulineaux. L’équipe remporte le championnat de Division d’Honneur Paris Île-de-France, décrochant ainsi son accession au CFA 2, alors cinquième niveau du football français. Dans le même temps, les Isséens réalisent un nouveau parcours remarquable en Coupe de France et atteignent les 32es de finale, où ils affrontent le Stade brestois, alors pensionnaire de Ligue 1. Le FC Issy tient tête aux professionnels bretons pendant le temps réglementaire avant de s’incliner finalement 1-0 après prolongation.
L’exercice 2011-2012 marque donc la première apparition du FC Issy-les-Moulineaux dans un championnat national, avec une participation au CFA 2. Cette accession constitue l’aboutissement de près de vingt-cinq années de progression depuis la création du club et représente l’un des principaux jalons de son histoire sportive.
