L'histoire de l'Étoile Football Club Fréjus-Saint-Raphaël est issue de la fusion de deux clubs historiques du Var. À Saint-Raphaël, le Stade Raphaëlois, fondé en 1905, s'illustre très tôt au plus haut niveau du football français. Trois ans seulement après sa création, il devient champion de la Côte d'Azur de l'USFSA, avant de connaître son plus grand succès en 1912, en remportant le championnat de France de l'USFSA face à l'Association Sportive Française. De son côté, l'Étoile Sportive Fréjusienne, fondée en 1938, s'impose progressivement comme le principal club de Fréjus. Champion de Division 4 en 1991, puis promu en Division 2 à l'issue de la saison 1993-1994, l'ESF connaît plusieurs saisons au niveau national avant de retrouver le CFA.
Au cours des années 2000, les deux clubs évoluent régulièrement dans les championnats nationaux et l'idée d'un rapprochement entre Fréjus et Saint-Raphaël fait progressivement son chemin. Le projet vise notamment à réunir les moyens des deux clubs et à constituer une formation capable de représenter durablement les deux communes au plus haut niveau. La fusion entre l'Étoile Sportive Fréjusienne et le Stade Raphaëlois est officialisée le 2 juin 2009, donnant naissance à l'Étoile Football Club Fréjus-Saint-Raphaël. L'équipe première reprend alors les droits sportifs de l'ES Fréjusienne, tandis que l'équipe de Saint-Raphaël devient la réserve du nouveau club.
La création de l'EFC intervient à un moment particulièrement favorable sur le plan sportif. L'ES Fréjusienne vient en effet de terminer deuxième de son groupe de CFA en 2008-2009 et obtient finalement son accession au National à la faveur de plusieurs rétrogradations administratives et décisions de la DNCG. Le nouveau club débute donc directement au troisième niveau national lors de la saison 2009-2010. Cette première saison confirme rapidement les ambitions du projet et permet à l'Étoile FC de s'installer durablement dans le championnat National. Le club y connaît ensuite plusieurs saisons solides, avec notamment une troisième place en 2012-2013, à seulement un point de la montée en Ligue 2 après une dernière journée particulièrement disputée face au Red Star.
L'EFC connaît également l'un des plus beaux parcours de son histoire en Coupe de France 2016-2017. Après avoir franchi plusieurs tours, le club atteint pour la première fois les quarts de finale de la compétition, où il affronte l'En Avant Guingamp le 4 avril 2017 au stade Pierre-de-Coubertin de Cannes. Cette aventure constitue le point culminant de l'histoire récente du club et vient compléter un parcours marqué depuis 2009 par une présence régulière dans les championnats nationaux. Entre-temps, l'EFC a quitté le stade Eugène-Pourcin de Fréjus à la suite de la transformation du site et dispute depuis 2014 ses rencontres à Saint-Raphaël, au stade Louis-Hon.
Après sept saisons consécutives en National, l'Étoile FC connaît la relégation à l'issue de la saison 2015-2016 et évolue depuis lors principalement en National 2. Cette période confirme néanmoins la capacité du club à maintenir une présence régulière au niveau national malgré la taille relativement modeste des deux communes. L'EFC s'appuie également sur un important travail de formation, avec plusieurs centaines de licenciés et une organisation structurée autour de ses deux villes historiques. Né en 2009 de la réunion de deux institutions centenaires ou presque, l'Étoile Football Club Fréjus-Saint-Raphaël perpétue ainsi une histoire qui remonte aux premières années du football français et constitue aujourd'hui l'un des clubs majeurs du football varois.
