L’histoire du Cergy-Pontoise Football Club plonge ses racines dans les premiers temps du football français. En 1865, le Star Football Club Pontoisien est fondé à Pontoise et constitue l’une des plus anciennes organisations sportives à l’origine du football dans le Val-d’Oise. Les premières années du club se déroulent dans des conditions rudimentaires, les joueurs utilisant notamment des terrains aménagés dans les sablières de l’Hermitage avant de s’installer progressivement dans des infrastructures plus adaptées. En 1905, le club, devenu entre-temps l’Union Sportive Pontoisienne, est enregistré comme le septième club auprès de la fédération sportive nationale alors chargée de l’organisation du football. Cette ancienneté fait de l’US Pontoise l’un des pionniers du football francilien.
L’Union Sportive Pontoisienne connaît son principal épisode sportif avant la Seconde Guerre mondiale en 1936, lorsqu’elle adopte le statut professionnel et participe à la toute première édition du championnat de France de troisième division professionnelle. Cette compétition, créée pour la saison 1936-1937, ne sera toutefois jamais reconduite. Pontoise termine 9e de son groupe, avec trois victoires, cinq matchs nuls et dix défaites en dix-huit rencontres. La suppression de cette Division 3 professionnelle contraint le club à abandonner le professionnalisme et à retrouver les compétitions amateurs dès la saison suivante. Cette courte expérience fait néanmoins de Pontoise l’un des premiers clubs professionnels de l’histoire du Val-d’Oise.
Après la Seconde Guerre mondiale, l’histoire du club se poursuit à travers plusieurs rapprochements. En 1947, l’Union Sportive Pontoisienne fusionne avec l’Olympique de Saint-Denis pour former l’Olympique de Pontoise. Cette nouvelle entité s’installe durablement dans le football francilien et évolue notamment plusieurs saisons en Division d’Honneur de la Ligue de Paris. L’Olympique de Pontoise reste ainsi pendant plusieurs décennies un acteur important du football local. En 1984, une nouvelle fusion intervient avec l’ASAN Football, donnant naissance à l’Olympique de Cergy-Pontoise et accompagnant l’évolution géographique du territoire autour de la ville nouvelle de Cergy-Pontoise.
L’étape décisive intervient en 2005, lorsque l’Olympique de Cergy-Pontoise fusionne avec l’Union Sportive Cergy Clos pour former le Cergy-Pontoise Football Club. Cette nouvelle structure reprend l’héritage sportif de ses différentes composantes et devient progressivement l’un des clubs majeurs du football du Val-d’Oise. Le CPFC poursuit notamment son développement autour de la formation des jeunes et du football amateur régional. Son équipe première atteint pour la première fois le septième tour de la Coupe de France lors de l’édition 2021-2022, illustrant le retour du club sur la scène nationale après plusieurs décennies consacrées principalement au football régional. Aujourd’hui, le Cergy-Pontoise FC revendique ainsi une histoire qui s’inscrit dans la continuité du football pontoisien depuis le XIXe siècle.