L'histoire du football à Saint-Seurin-sur-l'Isle, en Gironde, remonte aux années 1920. Le football est pratiqué dans la commune dès 1926 et l'Association Sportive Saint-Seurinoise est officiellement fondée en 1927. Le club s'installe progressivement dans le paysage du football aquitain et connaît une première période de développement après la Seconde Guerre mondiale. L'AS Saint-Seurin accède à la Promotion d'Honneur en 1958, puis à la Division d'Honneur en 1960, avant d'atteindre pour la première fois le Championnat de France Amateur en 1964. Les Verts disputent deux saisons à ce niveau avant de retrouver les compétitions régionales. En 1973, Saint-Seurin remporte le championnat de la Ligue du Sud-Ouest et retrouve la Division 3, mais ne parvient pas à se maintenir au terme de la saison.
Après cette première expérience au troisième niveau national, l'AS Saint-Seurin alterne pendant plusieurs années entre les championnats régionaux et nationaux. Le club accède à la Division 4 en 1978, puis retrouve le niveau régional en 1981. Une nouvelle accession en Division 4 intervient en 1984, année au cours de laquelle Saint-Seurin remporte également le championnat d'Aquitaine. La progression des Verts s'accélère ensuite : en 1987, le club termine en tête de son groupe de Division 4 et accède à la Division 3, avant de remporter son groupe de D3 en 1989. Cette performance permet à l'AS Saint-Seurin d'atteindre pour la première fois la Division 2 et le statut professionnel. Le club girondin s'apprête alors à vivre la plus belle période de son histoire.
De 1989 à 1992, l'AS Saint-Seurin évolue trois saisons consécutives en Division 2 et affronte plusieurs des clubs les plus prestigieux du football français. Le stade Fernand-Sastre accueille notamment les Girondins de Bordeaux, Strasbourg, Nice, Brest, Le Havre, Cannes, Rouen, le Red Star ou encore Valenciennes. Saint-Seurin atteint également à deux reprises les 32es de finale de la Coupe de France, en 1990 puis en 1991, face au Stade rennais et à l'AS Monaco. En 1991, le club remporte la Coupe d'Aquitaine, ajoutant un trophée régional à son palmarès. À l'issue de la saison 1991-1992, l'AS Saint-Seurin est toutefois reléguée sportivement et connaît parallèlement de graves difficultés financières. Le club est alors rétrogradé administrativement au niveau régional et abandonne son statut professionnel.
Après cette rétrogradation, le club prend le nom de Football Club Saint-Seurin. En 1998, il disparaît en tant qu'entité indépendante à la suite de sa fusion avec l'AS Libourne, donnant naissance au Football Club Libourne-Saint-Seurin. Cette nouvelle structure connaît à son tour une ascension remarquable, remportant le championnat de CFA 2 en 1999 puis celui de CFA en 2003, avant d'atteindre le National et finalement la Ligue 2 en 2006. Le FC Libourne-Saint-Seurin évolue deux saisons au deuxième niveau professionnel français, de 2006 à 2008. Cette aventure prend fin après la relégation en National, puis les difficultés financières qui conduisent à la séparation des deux entités.
Le football saint-seurinois renaît finalement avec la création du Saint-Seurin Junior Club (SSJC) en 2006-2007. Le nouveau club permet aux couleurs vertes et blanches de retrouver le stade Fernand-Sastre et de reconstruire progressivement une équipe locale, d'abord autour de la formation des jeunes puis avec une équipe senior à partir de 2009. Les seniors connaissent une remontée spectaculaire au début des années 2010, enchaînant plusieurs accessions et retrouvant le championnat régional en 2012. Le Saint-Seurin Junior Club perpétue ainsi aujourd'hui l'histoire du football à Saint-Seurin-sur-l'Isle, tout en conservant la mémoire de l'ancienne AS Saint-Seurin et de ses trois saisons historiques en Division 2.
