Fondé en 1927, le Football Club d’Annecy s’impose rapidement comme l’un des clubs majeurs du football savoyard. Après plusieurs années dans les championnats régionaux, le FCA intègre les compétitions nationales en 1948 et s’installe durablement dans le Championnat de France Amateur. Cette période constitue la première grande époque du club, qui reste notamment présent au niveau national sans interruption jusqu’à la disparition du championnat en 1971. En 1960, Annecy atteint le sommet du football amateur français en remportant le titre de champion de France Amateur, après avoir déjà décroché plusieurs titres et coupes régionales.
Après la disparition du Championnat de France Amateur au début des années 1970, le FC Annecy connaît une période plus difficile et redescend progressivement dans la hiérarchie régionale. Le club amorce toutefois une spectaculaire remontée au cours des années 1980. En 1984, Annecy remporte son groupe de Division 4 sans connaître la moindre défaite, avant de poursuivre son ascension en Division 3. À l’issue de la saison 1987-1988, le club termine deuxième de son groupe de D3 et obtient pour la première fois de son histoire son accession en Division 2. Cette montée s’accompagne du retour du FC Annecy au statut professionnel.
Le FCA évolue pendant cinq saisons en Division 2, de 1988 à 1993. Cette période représente alors le plus haut niveau atteint par le club dans son histoire. Annecy réalise son meilleur classement en 1990-1991, avec une neuvième place, et atteint également les huitièmes de finale de la Coupe de France après avoir notamment éliminé l’AS Nancy-Lorraine, pensionnaire de première division. La saison 1992-1993 marque cependant la fin de cette belle aventure. Relégué en troisième division, le FC Annecy connaît de graves difficultés financières et abandonne finalement sa place en championnat le 16 octobre 1993, avant d’être dissous. Une nouvelle structure, Annecy FC, est alors créée et repart dans les championnats régionaux.
Pendant près de deux décennies, le football annécien se reconstruit loin des championnats professionnels. En 2013, le club retrouve officiellement le nom historique de Football Club d’Annecy, puis connaît une nouvelle ascension sous la direction de Michel Poinsignon. Champion de Division d’Honneur Rhône-Alpes en 2015, le FCA retrouve alors les championnats nationaux après près de 22 ans d’absence. L’ascension se poursuit immédiatement avec une montée en CFA dès 2016. Après plusieurs saisons solides au quatrième niveau, Annecy décroche en 2020 son accession au National, le championnat ayant été arrêté prématurément en raison de la pandémie de Covid-19 alors que le club occupait la première place de son groupe de National 2.
La renaissance du FC Annecy atteint son apogée en 2022. Pour sa première saison sous les ordres de Laurent Guyot, le club réalise une remarquable campagne en National et termine vice-champion de France, validant ainsi son accession en Ligue 2, 29 ans après sa dernière apparition au deuxième niveau français. Le FCA retrouve alors le statut professionnel et s’installe dans le football professionnel français. Dès sa première saison en Ligue 2, Annecy réalise un nouvel exploit majeur en Coupe de France 2022-2023 : après avoir éliminé le Paris FC, les Annéciens sortent l’Olympique de Marseille en quarts de finale au Vélodrome aux tirs au but, avant d’atteindre pour la première fois de leur histoire les demi-finales de la compétition. Cette nouvelle épopée confirme le retour du club haut-savoyard parmi les formations qui comptent du football français.
NATIONAL
* 1 x Champion de France Amateur : 1960
* 3 x Vainqueur de groupe de CFA : 1955, 1958, 1960
* 1 x Vainqueur de groupe National 2 : 2020
* 1 x Vainqueur de groupe de Division 4 : 1984
RÉGIONAL
* 3 x Champion Ligue Rhône-Alpes : 1947, 1948, 2015
* 1 x Champion Ligue Auvergne-Rhône-Alpes, gr.B : 2026
* 1x Coupe du Rhône-Alpes : 1980
