Fondé le 7 mai 1965, le Football Club de Bressuire naît de la fusion de trois clubs de la ville des Deux-Sèvres : Le Réveil, La Concorde et l'Athlétic de Saint-Porchaire. Le nouveau club est présidé par Georges Goyault et entraîné par Camille Ninel, ancien joueur professionnel de l'Olympique Lyonnais et international français. Dès sa première saison, le FC Bressuire remporte le championnat de Promotion de Ligue, lançant une histoire marquée par une progression régulière dans les championnats régionaux. En 1967, le club atteint pour la première fois la finale de la Coupe du Centre-Ouest, avant de développer également une solide politique de formation, symbolisée par plusieurs belles performances de ses équipes de jeunes, notamment en Coupe Gambardella.
Au cours des décennies suivantes, le FC Bressuire s'installe durablement parmi les clubs importants du football des Deux-Sèvres et du Centre-Ouest. L'équipe première connaît plusieurs passages dans les différents niveaux régionaux, tandis que les équipes de jeunes se distinguent régulièrement dans les compétitions régionales et nationales. Le club atteint notamment les 32es de finale de la Coupe Gambardella en 1990, où il affronte le FC Nantes, alors l'un des grands clubs formateurs français. Après une période plus difficile au début des années 2000, marquée par deux relégations successives en 2000 et 2002, le FC Bressuire entame une nouvelle reconstruction. Sous l'impulsion de ses dirigeants et avec l'arrivée de Xavier Benaud comme entraîneur général en 2010, l'équipe fanion retrouve progressivement le sommet du football régional.
La saison 2013-2014 constitue le plus grand tournant de l'histoire du FC Bressuire. Après plusieurs années de progression, l'équipe première décroche pour la première fois son accession au CFA2, alors cinquième niveau du football français. Cette saison exceptionnelle est également marquée par la première victoire du club en Coupe du Centre-Ouest. En Coupe de France, les Bressuirais franchissent plusieurs tours avant d'atteindre les 32es de finale, où ils affrontent le FC Sochaux-Montbéliard, alors pensionnaire de Ligue 1, et s'inclinent 3-0. Le club réalise ainsi un historique doublé championnat-coupe et découvre pour la première fois le niveau national.
Le FC Bressuire confirme rapidement sa nouvelle dimension lors de la saison 2014-2015. Pour sa première campagne en CFA2, le club assure son maintien et réalise surtout un nouveau parcours remarquable en Coupe de France. Après avoir éliminé Vertou au 7e tour, Bressuire crée l'exploit en battant Istres, alors pensionnaire du National, au 8e tour, puis s'impose face à Amiens SC en 32es de finale. Le club atteint ainsi pour la première fois les 16es de finale de la Coupe de France, où il s'incline de justesse contre Le Poiré-sur-Vie, autre équipe de National. Cette période constitue l'apogée sportive du FC Bressuire, qui connaît ensuite plusieurs saisons au niveau national avant de retrouver progressivement les championnats régionaux. Après une nouvelle accession en National 3 en 2021, l'équipe fanion redescend en Régional 1 en 2022. Le club poursuit depuis son activité au niveau régional et demeure l'un des clubs historiques du football des Deux-Sèvres.
